Theo biên niên sử, chùa được xây dựng vào năm 1262, ở phía tây cung Trùng Quang của các vua nhà Trần. Nhưng theo các minh văn trên bia, trên chuông thì ngôi chùa này đã có từ thời nhà Lý. Có thể chùa đã được xây dựng lại với quy mô rộng lớn từ năm 1262. Tuy đã nhiều lần tu bổ nhưng chùa vẫn còn giữ được nhiều dấu tích nghệ thuật đời Trần.